shotgun method

• dnanin parcalara ayrildigi, parcalarin sekanslandigi^* ve sonra bi algoritma ile tum mapin ortaya ciktigi yontem, bi takim kuskular olmakla beraber genel kabul gormus bir yontem.
• daha anlaşılır olması umuduyla şöyle de tarif edilebilir bir metoddur: dnayı alıp bir takım enzimlerle keser biçersiniz, ufalarsınız. elinizde (deney tüpünüzde yani) sürüyle dna fragmanı vardır artık. bu dna fragmanlarını (parçaları diyelim daha türkçe olsun) ise sekanslarsınız.
  (sekanslamak ise, sequence kelimesinden geliyor, uygun bir türkçe kelime bilmiyor bu satırların yazarı ama dna içeriğindeki şu meşhur agcactagtcgatcgatg dizilerinin hangi sırada olduğunun bulunmasına deniyor bu sekanslama hepsi bu, oldukça da kolay bir işlem bu, karmaşık görünse de. biz forward bkz verelim boş bir vakit veya daha bilgili arkadaşlar için (bkz: dna sequencing))
  
  bu sıralanmış (buldum sanırım!) dna harflerinin geri nasıl birleştirilip dnanın tümünün dizilişinin ortaya çıkacağı ise tamamen biyoinformatik konusu olmuştur ama ilkeleri çok da karışık değildir yine. (ancak bu saatte anlatmaya kalkarsam kesinlikle karışık gelecektir kalkışmıyorum bu sebeple, bu arada parantez içinde abuklama hakkımı ilk defa bu kadar abuse ettiğimin farkına vardım, özür)
• human genome project in beklenen süreden 2 sene erken tamamlanmasının en önemli sebeplerinden biri shotgun method dur efendim. türkçeye "rastgele tüm genom dizilemesi" şeklinde çevrildiği gözlemlenebilir.
  
  bu yöntem national institutes of health in uyguladığı yöntemden bir çok farklılıklar arzı endam eder. national institutes of health genom çözümlemesi yaparken kromozomlara belirteçler koyarak, kromozomlar üzerinde sırasıyla ve adım adım ilerleyerek onları birer birer dizilemiştir. bu shotgun method a göre daha çok zaman alan lakin daha temkinli ve hata payı daha düşük bir yöntemdir. craig venter önderliğindeki celera şirketi ise , 23 kromozomu da içeren tüm genomu parçalara bölüp tüm parçaları dizilemiş daha sonra ortaya çıkan sonuçları pe biosystems ve applied biosystems tarafından üretilmiş çok gelişmiş bilgisayar yazılımları aracılığıyla birleştirmiştir.
  
  kısaca celera genomics en baştan tüm genomu küçük dna parçalarına bölmüş, bu parçaları dizilemiş son aşamada ise parçaları yazılımlar sayesinde örtüştürerek tüm diziyi elde etmiştir.
  
  bir de genbank gerçeği vardır ki değinmeden geçmek olmaz.etik ve ahlaki değerleri koruma amacıyla düzenlenen yasalarca tüm çözümlenen genom parçaları herkesin ulaşabileceği bir kaynakta toplanır. buna genbank diyoruz. shotgun method kullanılırken küçük parçaları birleştirmek ve zaman kazanmak adına büyük bölümünü rekabet edilen national institutes of health in oluşturduğu bu veritabanı da kullanılmıştır.
  
  kaynak:yaşamın şifresi: insan genomu projesi -odtü yayınları
  bilim teknik dergisi 2009 şubat - tubitak yayınları
• mikrobiyom çalışmalarında her derde defa ama ülkemizde bu çalışmayı yapabilmeniz için bir villa parası edinmeniz gerekiyor. 16s rrna-seq'ten farkı tüm incelediğiniz doku ya da örnekteki tüm mikrobiyolojik profili vermesi. 16s rrna da ise genellikle bakteriyel popülasyonların v3-v4 bölgeleri hedeflenerek cins bazında size bilgi veriyor. shotgun'da tür bazında ve o numunede ne varsa ortaya çıkarıyor. dikkat edilmesi gereken husus genellikle insan çalışmalarında kullanılan örnekteki konakçı bileşenlerini analiz sırasında çıkarmak.bunu önce de sonra da yapabilrsiniz. metodu uygulamadan önce yaparsanız örneğinizin hasara uğraması mevzubahis olabilir; o yüzden analiz sonunda daha meşakkatli ancak daha güvenilir bir dizi biyoinformatik süreç sizi bekler. kraken programını metagenomik analizde tavsiye ederim.