transkripsiyon faktörleri

• (bkz: ukte)
  uktecinin notu: (bkz: bkz: immediate early genes)
  
  transkripsiyon faktorleri dna'dan rna ifadelenirken belirli bir promotera veya enhancera baglanan protein altbirimlerdir. bu altbirimler transkripsiyonu regule edecek, baslatacak^*, uyaracak^* veya durduracak^* sekilde etki ederler. transkripsion faktorleri dna'ya baglanabildikleri gibi, dna'ya baglanan proteinlere baglanarak da etki edebilirler. bir de bunlarin enteresan dna'ya baglanma sekilleri vardir ki bu da aha su baslikta incelenmistir: (bkz: transkripsiyon faktorlerinin baglanma motifleri)
  
  bir de transkripsiyon faktorlerinin aranabilecegi bir database mevcuttur, transfac adinda, register gerektirdigi icin hic kullanmadim ama linki de soyledir:
  http://www.gene-regulation.com/…bases.html#transfac
  
  uktecimizin notuna gelirsek; her ne kadar immediate early genes bir baslikta incelenmis olsa da, ukteye sadik kalip soyle bir aciklayayayim ben de. bu genler, diger genlerin aktivitelerini kontrol eden, genellikle yenilenme^* ve programli hucre olumu^* gibi hucresel programlarin kontrolunde yer alan genlerdirler. hucresel fos, jun ve myc gibi buyume ve gelisme regulatorleri 40 kusur bilinen ieg'nin bazi tipleridir (c-myc, c-fos, c-jun). bircok ieg ekspresyon urunu transkripsiyon faktorudur.
  
  ieg transkripsiyon faktorlerinin oynadiklari rollerin tamami bilinmemektedir, ancak hucresel fonksiyonlarda ve noronlarda sinaptik iletimde oynadiklari roller nedeniyle ogrenme ve hafizada rolleri oldugu dusunulmektedir.
• transkripsiyon faktörleri dna'nın kendi ekspresyonunu kontrol altında tutmasını sağlayan hasta ruhlu proteinler olup, tek boyutlu kodun üç boyutlu proteine tercüme edilerek tekrar tek boyutlu kodu regüle etmesi gibi manyakça bir mekanizmanın elemanlarıdırlar (kendi kendine bir programcı robot üreten ve bu robotun geri dönüp kendisinin programcı robotun parçalarını üretmesini sağlayan kodları kontrol etmesine izin veren, bir ve sıfırlardan oluşan bir kod düşünün).
  genelde üç farklı domainden oluşurlar ki bunlardan biri enzimin gerekli dna tanıma sekansına (cis acting element) bağlanmasını sağlayan dna binding domain (bd), ikincisi polimerazla etkileşime girerek transkripsiyonu başlatmasını sağlayan activation domain (ad) ve diğer trans-acting elementlerle bağlantı kurmasını sağlayan interaction domain (id)dir. transkripsiyon faktörlerinin bu üç parçası çoğunlukla birbirinden bağımsız olarak etki gösterebildiğinden bir faktörün aktivasyon domainine başka bir faktörün binding domaini bağlanarak, hatta bu binding domaine cdna kitaplığından kafamıza göre bir sekansı tanıyacak elementler eklenerek herhangi bir proteinin herhangi bir koşulda ekspresyonu sağlanabilir (hybrid sistemler). örneğin bir mikroorganizmada sadece anaerob ortamda üretimine başlanan bazı proteinler aerob ortamda da rahatça overeksprime edilebilir. daha komplike hybrid sistemler ise burada yazması çok uzun sürecek binbir türlü araştırmada kullanılmaktadır.
  transkripsiyon faktörleri genomics ile proteomicsin tam ortasında duran bir konu olup çoğu proteomicscinin "aştık biz bunları" demesine rağmen çok çok hasta gelişmelere gebedirler, benden söylemesi.