şükela:  tümü | bugün
  • biyolojik aglari (bkz: biological networks) goruntulemek ve analiz etmek icin tasarlanmis bir yazilim. hem oylesine open source, hem oylesine stabil, hem oylesine kullanici dostu, hem de oylesine guzel bir arayuzu var. boyle yardimci bir arkadasin bedava olmasina insan sasiriyor tabi. her turlu kompleks agi belli basli graph theory algoritmalarini kullanarak analiz etmenizi sagliyor. isterseniz java'da kendi pluginlerinizi yazip bioinformatics dunyasina hediye de edebiliyorsunuz. 2007 temmuz itibariyle referans makalesine de 281 citation almistir.
  • moleküler etkileşim ağlarını görüntülemeye yarayan bedava bir software, büyük data analizi yapan biyologların dostu.

    teknoloji hızla gelişiyor. temel bilim düzeyinde konuyu ele alırsak, günümüzde teknolojik gelişmelerin yardımıyla en büyük sıçramayı yapan bilim dalı kesinlikle biyoloji. aslında sadece teknoloji de değil, diğer bilim dalları yaşamı moleküler düzeyde anlamamızı sağladığı için biyoloji boyut atladı. 60-70 öncesine kadar sadece gözlemleri betimleyen bir bilimdi. örnegin, mendel’in bezelye özelliklerini gözlemlediği fenotiplere göre analiz etmesi, farklı özelliklerin bir sonraki nesle birbirlerinden bağımsız olarak dağıldığını belirtmesi , ya da morgan’ın bazen iki özelliğin birbirine bağlı olabileceğini bulması gibi. henüz gen kavramı da ortaya atılmadığından bu özellikler “trait” olarak geçer. doğaya aracısız, yalnızca gözlerinizle bakıp bilim yapabildiğiniz günlermiş. ha kolay mı? bence hiç değil! kimin durup dururken aklına meyve sineklerini incelemek gelir ki? kuşkucu akla sahip olmak o dönemde günümüze göre belki daha elzemdi.

    simdi durum nasıl? bilgi içinde resmen yüzüyoruz. bilginin sınırı yok. gen haritasını falan geçtim artık, tek hücre de hangi genin anlatımı ne kadar değişmiş tak diye bakabiliyorsan. ha tek bir gen için bakıldığını sanmayın, binlerce hücrenin bütün genlerinin anlatımına tek tek bakabiliyorsun.

    bütün bu gelişmeler insani heyecanlandırıyor tabii ama bu soru her biliminsanın karşına çıkıyor: ee ne oldu şimdi? neye bakıyorsun. iki hücrenin birbirinden farklı gen anlatımlarına sahip olması ne demek diye sormaktan önce, fark ne demek gerekiyor. binlerce, bezen on binlerce geni kıyasladın da o elde ettiğin excel dosyasını açıp diyebileceğin tek sey “hmmm bi değişiklik var galiba”.

    bu büyük dataya bakıp bir şeyler anlamak için onu basitleştirmek, hatta görselleştirmek gerek. cytoscape de bu noktada devreye giriyor. o binlerce satirlik ve sütunluk excel tablonuzu giriyorsunuz ve dilediğiniz analizi yapabiliyorsunuz. örnek vermek gerekirse, görselleştirilmiş bir gen anlatimi profili çıkarabiliyorsunuz. ya da anlatımı değişen genlerin etrafında ortak bir dizi var mi, bunu belirleyebilirsiniz. bulduğunuz diziye bağlanabilecek transkripsiyon faktörü var midir? varsa nedir? hangi organizmada vardır? belki farede yok insanda var?

    hadi on geçtim, transkripsiyon faktörü aramıyoruz. hangi sinyal yolakları değişmiş ona bakalım dedik. listeni veriyorsun, muhtemel gerçeklesen sinyal olaylarını tahmin edebiliyorsun. ya da bir protein ilgini çekti, bu zamana kadar bulunmuş bütün etkileşim haritasını çıkartabilirsin.

    bunların hepsini online olarak farklı uygulamalarla yapabilirsin, ama cytoscape bütün bu online araçları birleştiren bir software. büyük analizleri online yapamazsın, farklı analizler icin de tekrar oradan oraya kopyala yapıştır yapamazsın. ama cytoscape ile bunların hepsini birbirine entegre edebilirsin.

    burada sayarak bitiremeyeceğim derecede farklı isler için kullanabilirsiniz. önemli olan soruyu sormak/oluşturmak ve cevabini hangi yolla alabileceğin hakkında biraz düşünmek. bu başlangıç noktası için elinizde hali hazırda high-through put data olmasına da gerek yok. birçok yayınlanan makalede raw data da birlikte sunuluyor. meraklı olan bir insan bunu kullanıp, mantıklı sorular geliştirip, anlamlı bir sonuç alırsa laboratuvarda yapacağı deneyleri buradan aldığı sonuçlara dayandırabilir. buna da örnek vermek gerekirse, bilinen bütün kanser mutasyonlarını “cosmic, the catalogue of somatic mutations ın cancer” adli platformda sıralamışlar. seç beğen al, meme kanseri mi, akciğer kanseri mi, ne ilgini çekiyorsa. indir oradan bütün mutasyonları. kategorize et. bir bağıntı bulmaya çalış. işte, bu noktada careful reading yapmak gerek. mendel’in zamanında bezelyelere bakarken yaptığı şey yani. cytoscape de bunu basitleştiren bir platform. kullanın.