• şifresinin çözülemediği doğru değildir. bilim günümüzde bilgisayar programı netliğinde dna kodlayacak düzeye gelmiştir, sentetik dna ve hibrid canlılar mütemadiyen üretilmektedir. hibrid derken atla eşeği çiftleştirip katır elde etmekten bahsetmiyorum, örneğin şu anda görünüşü bildiğimiz keçi olsa da örümcek genleri taşıyan bir canlı var. kendi yavrusunu emziremiyor çünkü memesinden süt yerine sıvı örümcek ipliği çıkıyor (bunu neden üretmek istediklerini ayrıca yazarım ama bu başlığın konusu değil).

    bilgisinin depolanamadığı da doğru değildir, aşağıdaki linklerden genomu tamamlanmış canlıların sayısı üzerine bir fikir edinilebilir:
    http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html
    http://en.wikipedia.org/…quenced_eukaryotic_genomes
    http://en.wikipedia.org/…uenced_prokaryotic_genomes
    http://en.wikipedia.org/…sequenced_archaeal_genomes

    bir bilgi depolama ortamı olarak çok şey vaat ettiği ise doğrudur, bu konudaki deneylerde son derece başarılı olunmuştur. dna'nın doğasından gelen kopyalama hatalarını nasıl aştıklarını bilmiyorum ama belli ki aşmışlar. (doğanın bilişimle iç içe geçtiği bu alan ilginizi çekiyorsa "natural computing" araması yapmanızı öneririm, çok şaşırtıcı gelişmeler var).
  • vakti zamanında tüm derdim buydu, şimdi ise umurumda değil. insan nebçim de değişiyor arkadaş. dna neden sarmal yapıda? tırnak kadar moleküler biyoloji bilgimle bunun cevabını arayıp durmuştum aylarca. sonra baktım düşünerek olmuyor okuyayım dedim. bir gaz bölümü kazandım. nasıl uçuyorum nasıl bir hayal alemi, başka hiçbir şey beni ilgilendirmiyor. varsa yoksa dna. para kazanamazsın! olsun birinci katta oturan birinin balkonunda uyurum sabah da laboratuvara giderim. bak bak, kafa da bu kadar basarken kalkıştığım işlere bak. 17 yaşındayım, sevgilim bir mail yazmış, "deney tüplerinin arasında bana yer yok mu, sessizce dururdum ben", gülüyorum şimdi. yahu nasıl bir müptezelmişim ki o yaşta sevgilimden bunları duyuyorum. ayrılma nedenim de dna'ydı, sen hesap et. ama çok mutluydum. hayvani bir mutluluk. sabahlara kadar okurdum, bakardım merceklerle* artık gözlerim acırdı ufak bir noktaya odaklanmaktan. çizerdim gördüklerimi, düşündüklerimi not ederdim, tahta bir kutum vardı küçük, onda biriktirirdim bunları. üç gün hiç uyumadığımı bilirim, okumaktan. yeni bir şey öğrendiğimde ürperirdim, heyecandan titrerdim, çok mutlu olur kalkar bir tur atardım, sakinleşir okumaya devam ederdim. sonra abuk sabuk yerlerde uyuyakalırdım, bayılırdım diyelim. şimdi o okuduğum şeylerin tek cümlesini anlamam. komple değiştirmişler beni, yerime başkasını koymuşlar. bir dengeyi bulamadım şu hayatta arkadaş. utanmasam dna nedir diyene bilmiyorum diyeceğim.
    seninle çok mutluydum dna bacım. umarım benden sonra başkalarını da mutlu etmişsindir. your ex.

    diğer "ex"lerim, kozmoloji, kuantum fiziği, astronomi. ah ulen iki gezegen göreceğim diye az sabahlamadım o balkonda. hayır bir de mesafe ölçmeler, çizimler yapmalar, yaş hesaplamalar, yanlış hesapladılarsa eğer:/
    şimdi de dexter filan.
  • bugün 6 yaşındaki kızıma anlattığımdır.
    yarısı annenden yarısı da babandan gelen zincir, sonuçta seninki oluşuyor ve o yüzden ikimize birden benziyorsun deyince kafasındaki taşlar oturdu gibi baktı bana ve 'tamam, şimdi anladım' dedi ve şu soruyu sordu.

    "babacığım sen müzik aleti çalamıyorsun. annem de çalamıyor. peki o zaman ben nasıl böyle iyi çalabiliyorum?"
  • kendi kendini anlayabilme kapasitesine sahip şey. dna beyini yarattı, beyin kendi varlığını algıladı ve dna kendi kendini tanımladı.
  • dna’nın meşhur sarmal şekline aşina olmayanımız azdır. ne de olsa dna’nın ya da genlerin sözünün geçtiği hemen hemen her yere karikatürize de olsa bir dna sarmalı konduruluverir. hal böyle olunca günümüzün yüksek teknoloji ürünü mikroskoplarıyla bu yaşamsal molekülün yapısının atomlarına kadar rahatça görülebildiği düşüncesine kapılmak çok kolay. oysa çok kısa bir süre öncesine kadar dna’nın moleküler yapısına ait ayrıntılar sadece dolaylı olarak gözlemlenebiliyordu. yani dna’nın meşhur sarmal yapısı moleküler düzeydeki bazı ölçümlerin analiz edilmesiyle, dolaylı olarak anlaşılmış bir yapıydı. ancak geçtiğimiz yılın sonunda bir grup italyan araştırmacı yeni bir yöntem geliştirerek dna’nın sarmal yapısını doğrudan görüntülemeyi başardı.

    1953’te james watson ve francis crick’in dna’nın moleküler yapısını keşfetmesi yaşam bilimlerinde yeni bir çağın başlangıcı oldu. çünkü bu bilgi aynı zamanda dna’nın nasıl depolandığı ve kopyalandığı sorularının da cevabıydı. böylece biyolojik süreçleri ele almanın ve yönetmenin yeni bir yolu olarak moleküler biyoloji adlı disiplin ortaya çıkmış oldu. bu keşif sayesinde elde edilen, genleri anlama ve onlara müdahale etme gücü, bilim dünyasında hâlâ önemli sonuçlarla kendini gösteriyor.

    kodun incelenmesine ve üzerinde değişiklikler yapılmasına yönelik teknolojiler çok gelişti ve çeşitlendi. oysa günümüze kadar dna’nın moleküler yapısını incelemek için kullanılagelen yöntem, watson ve crick’in bundan tam 60 yıl önce dna’nın yapısını çözmek için kullandığı yöntemle temelde aynıydı. x-ışını kristalografisi olarak adlandırılan bu yöntem, moleküllerin yapısı hakkında dolaylı yoldan bilgi sağlıyor. bu yöntemde belirli bir düzende kristalleştirilen moleküller (örneğin dna ya da proteinler) x-ışınlarına maruz bırakılıyor. sonuçta atomlara çarparak kırılan ışınlar, özel bir fotoğraf kâğıdında o moleküle özgü izler oluşturuyor. bu izlerin karmaşık matematiksel yöntemlerle incelenmesiyse moleküllerin atom düzeyinde üç boyutlu yapılarının canlandırılmasına imkân veriyor. bu yöntem büyük ölçüde örneklerin hazırlanma sürecinin optimize edilmesine ve incelenecek moleküllerden yüksek kalitede kristaller oluşturulmasına dayanıyor. fakat ne yazık ki böyle kristaller çok nadir durumlarda elde edilebiliyor. bu yüzden de moleküllerin doğrudan incelenmesini sağlayacak alternatif yöntemler önem taşıyor.

    aslında günümüzde molekülleri atom düzeyinde çözünürlüklerle görüntüleyebilen mikroskoplar var. geçirimli elektron mikroskobu (tem) bunlardan biri. tem’in çalışma prensibi temelde ışık mikroskobununkine benziyor. ancak tem incelenecek örneğin üzerine ışık ışınları yerine elektron ışınları gönderiyor.

    bu ışınların dalga boyları da çok daha kısa olduğu için neredeyse atom düzeyinde bir çözünürlük elde edilmesi sağlanıyor. ancak iş biyolojik molekülleri bu mikroskoplarla incelemeye geldiğinde elde edilen görüntünün çözünürlüğünü bozan bazı sorunlar ortaya çıkıyor. bunlardan biri molekülü oluşturan atomların ya da atom gruplarının, molekülün üstünde durduğu maddeden daha düşük faz kontrastına sahip olması, bu durum görüntüde arka plan kirliliğine sebep oluyor. bir diğer önemli sorunsa molekülün yüksek enerjili elektron ışınına maruz kaldığında zarar görmesi. işte yeni bulunan yöntemde araştırmacılar bu iki sorunun üstesinden gelerek dna moleküllerini bir tem’le yüksek çözünürlüklü olarak ve doğrudan görüntülemeyi başardı.

    ekibin başarısı büyük ölçüde çok akıllıca tasarlanmış örnek hazırlama işlemine dayanıyor. araştırmacılar belirli bir düzende dizilmiş nano ölçekte yastıkçıklar içeren, aşırı derecede hidrofobik (yani suyu iten) özellikte, silikon bir yüzey oluşturdu. bu özellik su moleküllerinin kolayca ve hızla buharlaşmasını sağlıyor. araştırmacılar ayrıca yüzeyde, yastıkçıların arasındaki boşluklarda delikler oluşturdu. bu delikler de tem görüntülemesi sırasında elektron ışınlarının serbestçe geçmesini sağlıyor. araştırmacılar dna molekülleri içeren bir çözeltiyi bu yüzeye döktükten sonra çözeltideki suyu buharlaştırarak dna moleküllerinin yastıkçılar üzerinde gergin halde asılı kalmasını sağladı. asılı haldeki dna moleküllerinin bir kısmı da tam yastıkçıklar arasındaki deliklerin üstünde kaldı. tem görüntülemesi sırasında deliğin üstüne denk gelen dna molekülleri, elektron ışınının altına tutularak bu moleküllerin doğrudan görüntüleri elde edilmiş oldu. ancak şimdilik bu şekilde görüntülenebilen en ince dna örneği aslında bir dna molekülünün etrafına sarmal halde dolanmış altı dna molekülünden oluşan bir dna lifi. çünkü görüntülemede kullanılan elektronların enerjisi tek bir dna molekülünü kırabilecek güçte. dna molekülleri örnek hazırlama işlemi sırasında birbirlerine sarılı bu düzeni kendiliğinden alıyor.

    bu düzen çok muntazam olduğu için de tek bir dna molekülünün sarmal yapısına ilişkin bazı ayrıntılar tem görüntülerinde görülebiliyor. örneğin dna sarmalında geometrik olarak tekrar eden desenin tem görüntülerinde ölçülen uzunluğunun, şimdiye kadar x-ışını kristalografisi verilerinden yola çıkılarak hesaplanan uzunlukla aynı olduğu görüldü.

    araştırmacılar daha düşük enerji seviyelerine tepki verebilen, daha hassas yeni nesil algılayıcılar ve daha gelişmiş örnek hazırlama işlemleri kullanılarak yakın bir gelecekte ikili sarmal biçimindeki tek bir dna molekülünün, hatta ayrılmış halde tek bir dna zincirinin görüntülenebileceğini ve böylece dna molekülünün nükleotid ayrıntısında görüntülerinin elde edilebileceğini düşünüyor.

    dna’yı “görmek” neden bu kadar önemli?

    dna’nın işleyişine ilişkin bilinenlerin büyük kısmı genlerle ilgili. genleri kodlayan kısımlarsa dna’nın sadece %3’lük bir kısmını oluşturuyor. gen kodlamayan %97’lik kısmın işlevleri yakın zamana kadar bir sır olarak kaldı. ancak özellikle insan genom projesi’nin 2003’te tamamlanmasından sonra hız kazanan araştırmalar, gen kodlamayan dna’ya dair önemli keşifler yapılmasını sağladı. bugün, dna molekülü ile başka moleküller (örneğin proteinler, mikro rna’lar) arasındaki ya da molekülün farklı kısımları (örneğin gen kodlayan kısımlarla gen kodlamayan kısımlar) arasındaki doğrudan fiziksel etkileşimlerin, genlerin işleyişinin düzenlenmesinde önemli bir rol oynadığı biliniyor. dna molekülünün yüksek çözünürlüklü olarak ve doğrudan görüntülenebilmesi işte bu doğrudan fiziksel etkileşimlerin tespit edilebilmesi için çok önemli.

    kaynaklar
    • gentile f., ve ark., “direct ımaging of dna
    fibers: the visage of double helix”, nano
    letters, cilt 12, s. 6453-6458, 2012.
    • http://www.nobelprize.org/…x/readmore.html?referer=
    • www.clickfind.com.au
    • http://www.nobelprize.org/…croscopes/tem/index.html
    • http://www.newscientist.com/…for-thefirst-time.html

    -ilay çelik / bilim ve teknik
  • madde kainati cekirdek duzeninde evrimselligin harika bir neticesi olan biyolojik bedenlerdeki uzun sureli kayitlayici uniteler.*
  • bir insan hucresindeki dna'nin 3 milyar adet baz ikilisi icerdigi varsayimi ile saklanan bilginin boyutu icin 3 gigabaz = 6 gigabit diyebiliriz. (dortlu tabandaki a, c, g, t'yi 00, 01, 10, 11 olarak ikili tabana donusturmek mumkun.)
    gundelik yasamda daha asina oldugumuz byte cinsindense 750 megabyte yapiyor.

    yani insanoglu su teknoloji dolu hayati biraz daha yasasa ve evrimlesme sonucu kulagindaki bir kac hucreye mp3 yuklenebilir hale gelse ne ipod'a bilmem kac lira bayilacaz, ne de 30 gb'ligi cikmis, 60 gb'ligi cikmis diye kafa yoracagiz serefsizim.

    yukarda bahsi gecen birimler si'nin tanimladigi sekilde kullanilmistir.
  • efendim radikal diyor ki uzaydaki radyasyona bilhassa duyarlı imiş kendileri. bu nedenle de dünya dışına uzun yolculuklar şimdilik bir hoş sada imiş meğer.
    http://www.radikal.com.tr/…4.02.2011&categoryid=138

    sizin burnunuza da bir truman show kokusu gelmiyor mu?
  • evrendeki her canlının hammaddesi olan biyolojik yapı.

    evrendeki bütün canlıların sayısını bilmiyoruz ama sonuçta artan sonlu bir sayıdır. discovery'de seyrettiğim insan ve paralel evren konulu bir belgeselde dna eşleşmelerinin sınırlı sayıda olduğu vurgulanıyordu. dna'nın bu çok çok geniş ama sınırlı eşleşme yelpazesi, sonsuz yaratılış olayını çürütüyor. çünkü tanrı gibi sınırsız güce sahip birisi sınırları olan bir hammaddeden sınırsız sayıda farklı canlı türü ve birey yaratamaz. her şeyin üstünde güçleri olan tanrının biyolojik anlamda yaratma yeteneğinin de bir sınırı var. geçmişte yaşamış birinin dna yapısı gelecekte doğacak birisinin dna yapısıyla tamamen aynı olabilir. aynı yapı, doğal yollarla farklı zamanlarda tekrar bir araya gelebilir ve biyolojik yaratım işi başa sarabilir.
  • mükemmel olduğu da büyük bir yalan olan çift sarmal. insan genomunun yaklaşık %8'inin virüslerin kalıntısı olduğu keşfedilmiştir. çok da akıllı tasarım değilmiş sanki?
hesabın var mı? giriş yap