şükela:  tümü | bugün
  • dna molekülü negatif yüklüdür, suda çözünebilir fakat alkolde çözünmez. basitçe bir dna molekülüne bakacak olursak fosfat grubu, deoksiriboz ve nitrojenli bazdan (a,t,g,c) oluşmaktadır.
    izolasyon yöntemlerinde birbirine izleyen 3 aşamadan oluşmaktadır.

    1) hücrelerin parçalanması ile yüksek molekül ağırlıklı dna'nın açığa çıkarılması.

    2)denatürasyon veya proteoliz ile dna-protein kompleksinin ayrılması ve dna'nın çözünür duruma getirilmesi. (denatürasyon: çift zincirli dna molekülü yüksek ph veya yüksek sıcaklık etkisinde bırakıldığında sarmal yapısında çözünmelerin meydana gelmesidir. denatürasyon işleri geri dönüşümlüdür. (bkz: renaturation))

    3)dna'nın basit enzimatik ve/veya kimyasal yöntemlerle proteinler,rna ve diğer makromoleküllerden ayrılması.

    ilk aşama hücre duvarının parçalanması dedik. bahsedelim.

    aşama 1: hücre duvarının parçalanması.
    -fiziksel parçalanma: dondrup- çözme
    -kimyasal madde ile muamele.
    bu kimyasal maddeler:
    -tuz: hücre duvarından geçerek proteinleri dna'dan ayırır.
    -deterjan: hücre duvarının geçirgenliğini arttırarak hücre içeriğinin serbest kalmasını sağlar.
    -etil asetat, toluen, sds: membran yapısını bozar.
    -edta: mg(+2) bağlayarak dnaz aktivitesini inhibeisyonu ve dna stabilizasyonunu sağlar.
    -izopropanol, etanol: nükleik asitlerin çöktürülmesinde kullanılır.
    -amonyum sülfat, sodyum sülfat: proteinlerin çötürülmesinde kullanılır.
    -proteinaz: homojen bir karışım oluşmasını sağlar.
    -rnaz: hücre içinde bulunan rna'lar tek iplikçik halde stabil olabildiklerinden onların da ortamdan uzaklaştırılması gerekmektedir ve bunun için de rnaz enzimi kullanılır.

    hücre duvarını geçtik. o da ne? hücre zarı!

    aşama 2: hücre membranının parçalanması.
    dna ekstraksiyonu için sds (sodium dodecyl sulfate) veya ctab (cetyltrimethylammonium bromide) gibi çözücüler ile muamele edilerek hücre zarı kolayca parçalanır.

    artık hücre içine girmiş bulunuyoruz. etrafımıza şöyle bir bakalım neler var... hmm mitokondri, kloroplast, çekirdek, golgi cisimciği. dna'yı istiyoruz biz. dna hücre içinde çekirdekte, mitokondride, kloroplastlarda bulunur.

    aşama 3:dna-protein kompleksinin çözülmesi.
    -genel olarak kloroform veya fenol karışımı eklenir.

    -denatürasyon: kimyasal çözülme gerçekleşir. fenol ekstraksiyonu işlemi kullanılır. fenol ile proteinler ve dna fragmanları birbirinden ayrılır ve uzaklaşmaları sağlanır.

    -spin kolon: fiziksel çözülmede kullanılır. dna'yı tutma özellikli. özel solüsyonlar ile dna'nın tüpler içine özel olarak yerleştirilen matriks tabakasına tutunması sağlanır. matrikse tutunamayan moleküller ortamdan uzaklaştırılırlar. böylece dna harici maddelerin hepsi uzaklaşmış olur. daha sonrada elüsyon yardımıyla dna'mızı matriksten ayırırız ve dna'yı elde etmiş oluruz.
    spin kolon yöntemi bence en güzelidir. tam bir bilim.

    aşama 4: dna'nın ortamdaki diğer moleküllerden ayrıştırılması.
    -genelde bu aşamada dna'nın fiziksel ya da kimyasal etkilere maruz bırakılması ile sağlanır. örneğin dna kimyasal olarak çöktürülebilir. bu işlemde en çok kullanılan kimyasal etanol'dür. ayrıca çökeltmeyi sağlayan isopropanol gibi kimyasallar da bu aşamada kullanılır.
    -fiziksel uygulamada santrifüj yapılır. santrifüj hızı ve zamanı ayrılması istenilen dna molekülünün ağırlığına göre değişkenlik gösterir.

    bu aşamaları sırasıyla uyguladığımızda istediğimiz dna'yı elde etmiş oluruz. artık mikroskopta incelemeye alabilirsiniz. kolay gelsin.
  • dna izolasyonu: organik olarak bozulmaya uğramamış hücresel yapılardan özel teknikler yardımıyla dna molekülünün ortaya çıkarılmasıdır.
    -taze ve donmuş dokudan,
    -parafine gömülü dokudan,
    -frozen veya parafine gömülü dokudan hazırlanan kesitlerden,
    -frozen veya parafine gömülü doku kesitlerinden mikrodisseksiyon ile lınan hücrelerden izole edilebilir.

    edit:
    dna izolasyonunu kullanıldığı yerleri de ekleyeyim dedim.
    -moleküler genetik araştırmalarında,
    -gen klonlanmasında,
    -adli tıp,
    -dna parmak izi,
    -taksonomi,
    -evrimsel ilişkilerin araştırılması,
    -hastalık teşhisinde dna izolasyonu kullanılmaktadır.
  • kan veya dokudaki hücrelerde bulunan dna'nın ekstre edilmesi. çeşitli prosedürlerle dna ekstre edilebilir. örneğin, kandan dna ekstre edilirken ilk olarak nukleusu dolayısıyla dnası bulunmayan eritrositlerin uzaklaştırılması için tampon kullanılarak santrifuj edilir. santrifüj sonucu oluşan pellete tekrar tampon ve santrfüj uygulunarak çekirdek paçalanıp izole dna elde edilebilir.
  • efenim evde de yapılabiliyormuş bu:

    tuzlu suyla gargara yapıp inceltilmiş bulaşık deterjanının içine tükürüyoruz. daha sonra bardağın yan tarafından içeri yavaşça soğuk cin dökerek karışımın içinde uzun beyaz parçacıklar oluşmasını sağlıyoruz. işte bunlar dna'mız oluyor(muş).

    gelecek hafta eski çevirmeli bir telefonu gps'li camii minaresine çevircez.
  • vakti zamanında en uzun dna izolasyonu işlemi bruno zimm adlı araştırıcı tarafından drosophiladan elde edilmiştir.(2,1 cm düz boyu) bu kadar büyük dna yı tek parça elde etmek oldukça güç işlem olduğundan özel izolasyon yöntemi geliştirmiştir.
    yönteminin kilit basamaklarının birini de deney örneğini 65 santigratta deterjan ile muamele etmek oluşturur.bu sayede dna nın koparılmasını önlemiş nükleazları inaktive etmiştir.
  • öncelikle bir yaprağı havanda döverek başlayabileceğiniz aktivite sonrası resmen büyük bir çığ altında kalmak gibi. soğuk ve karanlık. işi çekilir kılan tek şey ise jel elektroforezi sonrası çıkan görüntüyü incelemek.
  • arada bir kadın arkadaşlarına yaptığım izolasyondur. seçip beğenip alıyorlar.

    not: yanlış anlamamışımdır inşallah.
  • kitsizi makbul iştir efendim diye bir inancımız var idi. ama kitte iyidir güzeldir. standartlık sağlar ayrıca.

    not : önemlisi kitsiz her şekil dna'sını izole edebileni makbuldür araştırmacının. kit sadece hız katar. yoksa kitle ebemde izole eder.
  • plasmid dna izolasyonu icin bir adet "qiagen kit" ile bes dakkada besiktas olan islem.
  • bircok yontemin kullanilabilecegi islemdir, hangi yontemi sececeginize hazirladiginiz plana gore karar vermekte yarar vardir, en fazla tercih edilen metod fenol-kloroform ekstraksiyonudur, saf bir dna eldesi icin, cozunmus proteinleri iceren fenolu cok dikkatli ayirmak onemlidir