imagej

• java ile geliştirilen açık kaynak kodlu bir görüntü işleme editörü.
  
  linux, mac os ve windows'ta çalışabiliyor. bir çok türde dosya okuyabiliyen program standard görüntü işleme fonksiyonlarını (fft, median filtering, gaussian blur vb) gerçekleştirebiliyor ve sonuçlarını farklı dosya tiplerinde kaydedebilmenizi sağlıyor.
  
  http://rsbweb.nih.gov/ij/
• "image/gif stabilization" gibi spesifik bir konuyu araştırırken bulduğum nimet.
• en temiz goruntu isleme ve analizi yapilabilecek, macro yazmasi oldukca kolay olan, ayrica suradan built-in macro function'lara ulasabileceginiz java tabanli program.
  edit: http://rsbweb.nih.gov/…veloper/macro/functions.html
• gerçekten hakkını vererek kullanmak için en azından macro yazmak gerekir bu programa.
  
  en temizi java ile bünyesinde küçük programlar yazarak her şeyi otomatize etmektir. lakin java bilmiyorsanız kanser edebilir.
  
  netekim, görüntü analiziyle uğraşanlar için elzem bir programdır. candır.
  
  bir de şu var (bkz: fiji)
• yeni başlayanlar için aşağıdaki linkte çok güzel bir interaktif tutorial var.
  
  http://imagejdocu.tudor.lu/…gej_beginner_s_tutorial
• az önce yazdığım makro ile tek tıkla binlerce görüntüyü istediğim şekilde işleyerek orgazm olmama neden olan açık kaynaklı görüntü işleme programı.
  
  https://imagej.nih.gov/
• nıh'in ücretsiz sağladığı çok basit gibi görünen ama bir içine girince nar tanesi gibi bir sürü fonksiyonu olan hala tam olarak çözemediğim program.
• bir resim üzerinde bilinen bir uzunluğa göre kalibrasyon yapıldıktan sonra resimde mesafe ölçümleri yapmaya imkan veren bir görüntü işleme programı.
• çeşitli dokulardan ya da hücre kültürlerinden elde edilmiş mikroskobik görüntüleri (ışık, floresan ya da elektron) sayısal verilere çevirebilmenizi sağlayan bir yazılım. özellikle biyolojik görüntüler için imagej'nin bir türevi olan fiji'de hali hazırda bu işlemleri yapacak bir çok özellik gömülü olarak gelmekte. ayrıca uygulamak istediğiniz birçok işlem için farklı makro ve pluginleri çeşitli forumlarda bulmak da mümkün. daha da ilerisi çalışmanıza spesifik çeşitli makroları kendiniz de oluşturabilirsiniz. en iyisi de bunların hepsi ücretsiz ve yaşayacağınız sorunlarla alakalı internette erişebileceğiniz sağlam kaynaklar bulunmakta.
  
  neler yapabilirsiniz?
  -hücreleri ya da nükleusları sayabilirsiniz (analyse particle), aslında burada mantık partikül saymak. bu mantıkla yine elektron mikroskobunda çeşitli "yuvarlak" şekle benzer yapıdaki partikülleri sayabilirsiniz (örn. nanopartikül, gold parçacıklar vb.).
  -immünohistokimya, morfolojik ve patolojik vb. çalışmalar için hücre ya da dokuda spesifik olarak boyanmış bir alanın görüntüdeki intensity/integrated density/optical density/yüzdesini bulabilirsiniz.
  -bir hücrenin morfolojisini analiz edebilirsiniz (örneğin nöron somasındaki bir takım şekil bozuklukları).
  -stack fotoğraf analizleri yapılabilinir (konfokal mikroskopta olduğu gibi -ah keşke bi konfokalim olsa^*-)
  -basit ölçümlerin yanı sıra komplike ölçümler de yapılabilinir.
  
  ayrıca bu konuda uzmanlaşmayı istemekteyim. alanımla alakalı temel olarak birçok şeyi öğrendim ve kendimi geliştirmeye devam ediyorum. ancak ileri düzeye geçmek için sanıyorum java diline hakim olmam gerekli. bu yüzden yazılım bilgisi sıfır olan biri olarak kendimi geliştirmek adına nereden başlamalı merak ediyorum. yeşillendirebilirsiniz.
• onca bilimsel yazilim gordum, kullandim, saatler harcadim. ben bu kadar ise yarayan, bu kadar sahane, bu kadar tadindan yenmeyen bir yazilim gormedim. ustune ustuk bir de open source. su yazilim ucretli olsa, inanilmaz bir paraya satilirdi zira inanilmaz isler yapiyor. x-isinlari tomografisi datasindan mikroskopi datasina, muthis bir cesitlilikte bilimsel veri uzerinden analiz yapabiliyorsunuz. ustelik makrolar yazip bu islemleri otomatik hale getirebiliyorsunuz. ve hatta makro kaydedicisi ile gorsel arayuz uzerinde tiklayarak yaptiginiz islemleri otomatik olarak makro diline aktariyorsunuz. 6 yildir o kadar cok derdime derman oldu ki anlatamam. bir entry ile yapabildiklerini anlatmak olanaksiz.
  
  bir de bunun bir fiji veya fijij adiyla anilan bir versiyonu var. ekstra fonksiyonlari ile daha kullanisli, onu kullanmanizi tavsiye ederim.
  
  eksisi ise, bircok open source yazilimda oldugu gibi arayuzune alismanin biraz zaman almasi ve kullanici dostu olmamasi. bazi seyleri sacma sekilde uzun yapmanizi istemesi. ama aslitiginizda eliniz kolunuz gibi olacagi kesin. ve bir de resmi bir desteginin olmamasi ve topluluk sayfalarinda yeterince destek alamamaniz veya verilen cevaplarin bazen cok ileri duzeyde olmasi.
  
  kullanin, kullandirin efendim!