• önce yaşam yarattılar diye gaza gelmiş millet, sonra da sarkacın topuzu öteki tarafa fazla kayıp hayat falan yarattıkları yok başka bir canlının dnasını alıp ötekine koymuşlar olay bundan ibaret diye ayar verilmiş. elbette, her zaman olduğu gibi iki pozisyon da yanlış. linkleri ingilizce takip edemeyenler, edebilecek olup üşenenler için bir paragraflık özeti şöyledir.

    birbiriyle iki akraba bakteri türünden birisine ait bir örneğin dna - rna ilişkisi kimyasal yollarla kesilir.

    öteki bakterinin kendisi alınmaz, genomunun dijital bir kopyası (yani bilgisayara copy paste edebileceğin text versiyonu)alınır. bu genom baz alınarak 1080 baz çifti uzunluğunda ve her birisi bir önceki zincirle 80 baz çifti paylaşacak şekilde 1078 gen kaseti elde edilir. bu tamamen sentetik bir süreç. 1000 civarında baz çifti içeren zincirler daha stabil bir şekilde deney tüpünde birleştirilebildiği için tüm bakterinin genomu tek bir seferde elde edilmiyor. bu 1080 baz çiftlik zincirler bir maya üzerinde onar onar birleştiriliyorlar. böylece 110 adet 10000 baz çifti uzunuluğunda zincir elde ediliyor. yine mayanın yardımını kullanarak bu 110 zincir birbirine ekleniyor. sonuçta tamamen laboratuvarda, orijinal bakteri dnasından zerre içermeyen bir ortamda baktermizin genomu yaratılmış oluyor.

    daha sonra bu genom ilk bakterimizin rnasının üstüne ekleştiriliveriyor. ilk bakterinin dnası ile rnası arasında bağlantı kesildiği için, transfer rna baskılanarak yapılıyor bu galiba, devreye giren sentetik dna duruma hakim olmaya başlıyor. iki hücre bölünmesi sonrasında orijinal hücre dnasından eser kalmamış oluyor.

    gözledikleri hücrenin gerçekten de sentetik dna içerdiğinden emin olmak için araştırmacılar dna sentezlerken araya protein kodlamada kullanılmayacak bir takım junk dna de ekliyorlar. bu junk dna dört harfli dna alfabesini kullanarak (bir nevi mors kodu gibi) ünlü yazarlardan alıntılar içeriyor mesela james joyce'un meşhur "to live, to err, to fall, to triumph, to recreate life out of life." gibi.

    test tüplerinde çoğaltılan bakterilerin dna'sı çözümlendiğinde laboratuvarda eklenmiş bu junk dna da, tartışma götürmez bir kanıt olarak olduğu gibi bulunuyor.

    işte böyle.

    evet, sıfırdan hayat yaratma yok ortada ama olay basitçe bir dna'yı alıp başka bir hüceye koymak değil. o işi zaten 20 senedir (aynı türün hücrelerinde olsa da) klonlama çalışmalarında yapıyoruz. bu çok daha büyük bir olay. tam anlamıyla laboratuvarda üretilmiş bir genetik maddenin fonksiyonel olabileceğinin kanıtı. araştırma grubunun 2010dan beri çalıştığı konu ise bu sentetik genomu olabildiğince basite indirmek. şu anda orijinal bakteri genomunun tamamı ve ek junk dna var. yapılmak istenen hücrenin hayatta kalması ve çoğalması için gereken minimum büyüklükteki dna'ya indirmek. böylece fonksiyonel jenerik bir hücre tasarımı olacak elimizde. o hücreye sonradan istediğimiz özellikleri eklemeye çalışacağız. mesela mavi yeşil alglere fotosentez sırasında sadece selülöz değil ethanol ya da doğrudan daha verimli yanacak hidro karbonlar ürettirmek gibi,
  • kendisi yapay canlıyı ilk tasarlayıp çalıştıran kişi olacak hepi topu birkaç hafta sonra. bu noktadan sonra canlılara bakışımız ve canlılık konusundaki düşüncelerimiz de değişmeye başlayacak. insanlık evrim sürecine hükmetme konusunda yeni bir seviyeye gelmiş bulunuyor. artık bilgisayar başında software yazar gibi gen ve dna yazma sürecimiz başlayacak. (bkz: sentetik biyoloji). başka bir deyişle tarihte 3 milyar yıl önce olmuş bir şey yeniden başlıyor ve bu kez çok daha bilinçli. yaptığı çalışmaların özeti hep eksik kalacak olsa da (adam tarih yazıyor*) ne yaptığı ile ilgili kısaca fikir edinebilmek için şu videoya göz atılabilir.

    http://www.youtube.com/watch?v=nkz-gjsaqgo

    videonun sonlarına doğru geçen şu (monologdan bozma) diyalog da tarihteki muazzam ayarlardan sayılabilir zannımca.

    sunucu: mr venter are you playing god?
    venter: we are not playing!

    30:57 den sonra
  • dna sekanslama konusunda yaratıcı fikirler* ortaya atmasıyla ünlenen, perkin elmer iştiraklerinden celera genomics şirketinin murahhas azası olmakla ve bu şirketi human genome project ile didiştirmesiyle (daha çok clinton arabuluculuğuyla barıştırıldıktan sonra)tanınan bilimadamı. kanımca, tüm bunlarla değil de, ilk insan tasarımı canlının peydah edilmesindeki payıyla hatırlanacak birisi. kötümser projeksiyonlarda, küçükküçükküçük torunlarımızın venter ödülleri peşinde koşması da sakil durmuyor.
  • edit: zamanında bu entry'de elon musk'ı güzelleyen birtakım şeyler yazmıştım, daha sonra elon musk'ın hiç de görüldüğü gibi biri olmadığını gördüm. 2020'nin ilk 6 ayında elon musk çok saçmaladı ama, bu tweet'ten (https://twitter.com/…usk/status/1286866843307737088) sonra hakkında yazdığım bütün güzel sözleri geri alıyorum. kendisi de craig venter ile aynı tas aynı hamammış.

    elon musk ile kıyaslanması doğru olmayan şahıstır. elon musk şirketlerinde şirket kârından çok insana ve gezegene hizmeti amaçlıyor. bunu tesla'nın patentlerinin herkese açık olmasından, musk'ın konuşmalarından da anlayabilirsiniz. öbür tarafta ise biyoteknoloji alanında çalışan craig venter var. aslında craig venter'ın göründüğü kadar iyi olmadığından bahsetmeden önce tıp ve biyoteknoloji alanında şirket kârının yüksek, akıl kârının düşük olduğu bazı durumları gözden geçirsek iyi olur.

    monsanto, bir tarım ilacına dirençli tohum üretiyor ve bu tohumu çiftçilere bu ilaçla beraber satıyor. çiftçi hasat alıyor ve veriminden memnun kalıyor. ne yazık ki monsanto'nun sattığı tohumlar kısır. üstelik çiftçinin kullandığı ilaç toprağa da geçtiği için bir daha o ilaca dirençli olmayan bitkiler o toprakta yetişmiyor. dolayısıyla çiftçi artık monsanto'dan tohum satın almak zorunda.

    novartis, sma'yı tedavi eden bir ilaç çıkarıyor. ilacın maliyeti 100 dolar civarı olsa gerek. ilacın doz ücreti ise milyon dolar. bu ilaç için tabii ki de ar-ge yapıldı ve bu parayı çıkartması gerek ama şirket kâr odaklı çalışıyor, insana hizmet için çalışmıyor. binlerce insanın ilaca erişimi yalnızca devlet eliyle oluyor. yine devletin parası ilaç şirketlerine akıyor. bu ilaca ise sigortası olmadığı ulaşamayan binlerce insanın çektiği acıya değer mi? şimdilerde başka bir şirket sma için tedavi bulmak üzere dolayısıyla novartis ilacını ucuzlatacaktır.

    bunun gibi örnekler çoğaltılabilir, ilaç şirketleri zaten kâr odaklı çalıştığı için etik açıdan (benim etik anlayışıma göre) ihlal yapıyor. birilerinin (hisse sahipleri) cebine para girecek diye hükümetler bu ihlalleri görmezden geliyor, hatta bizzat o hükümet yetkilileri ceplerine para girsin diye bu koca şirketler için istisnai karar alıyorlar. ben küçükken insanların devleti hortumlamalarının nasıl mümkün olduğunu anlayamazdım, meğersem ortada insan faktörü olduktan sonra her şey kimin cebinin dolduğuna bağlıymış.

    bunca araştırmacı ve akademisyen insanları iyileştirecek ilaçları tasarlamakla meşgul şekilde yıllarını harcıyor ve ceplerine giren para ile şirketin hisse sahiplerinin aldığı para arasında dağlar kadar fark var. üstelik bu şirketler kârlarını, kâr amacı gözetmeksizin çalışarak araştırma yapan akademisyenlerin yaptığı araştırmalardan edinilen bilgi sayesinde elde ediyorlar. bir bilim insanının yaptığı araştırmadan bilime yapılan katkıyı şirket alıp bu yeni buluş/keşif/bilgi üzerinden araştırma yapıp, daha sonrasında para kazanıyor.

    sırf birileri zamanında kurnaz olup, bu şirketlerden hisse aldığı için kıçlarının üzerinde oturarak para kazanıyor. entelektüel kapasitesi ve birikimi bu hisse sahibi şahısların çok çok üzerinde olan, hatta bu hisse sahiplerinin tahayyül dahi edemeyeceği kadar yüksek olan insanlar ancak orta sınıf olmalarını sağlayacak kadar maaş alabiliyorlar.

    velhasıl bu bir sistem eleştirisi yazısı olmasa da, venter ve onun kalibresindekilerin nasıl da bu dünyanın kanseri olduğunu anlamanız için güzel örneklendirmiş olduğumu düşünüyorum.

    bu beyin sarsıntısı geçirene dek keline tokat atmak istediğim mahlukata geri dönersek onun yaptığı şerefsizlik ders kitaplarına konu olur.

    90'lı yıllarda insan genomunu dizileme fikri ortaya çıkmaya başladı ve bu amaçla bir konsorsiyum kuruldu. craig venter bu da araştırmanın bir parçasıydı. venter, devlet destekli insan genomu projesinden yavaş ilerliyor olduğu gerekçesi ve insan genomunun kredisini kim alacağı üzerine tartışmalar olduğu için ve bu tartışmaların işin uzamasına sebep olduğunu düşündüğü ayrıldı. iddiası kendi şirketinin insan genomunu, konsorsiyumdan önce ortaya çıkaracağıydı. üstelik bunu da konsorsiyumun elde ettiği verileri kullanarak yapacaktı.

    craig venter'ın amacı insan genomunun patentini almak ve yalnızca ücret ödeyen şirketlerle paylaşmak idi. ek olarak, venter genomda bulunan bazı genleri de patentlemeyi ve şirketlere vadetmiştir. hatta bunun için dönemin abd hükümeti yetkilileriyle konuşmuştur. neyse ki insan genomu konsorsiyumu craig venter'dan önce insan genomunu diziledi ve craig venter nihai amacına ulaşamadı. günümüzde insan genomuna ücretsiz bir şekilde ulaşabiliyoruz ve hiçbir gen de çok şükür patentlenmiş değil. bu sayede milyonlarca insanın hayatını olumlu yönde değiştirebiliyoruz ve bunun için bir ücret ödememize de gerek kalmıyor.

    insan genleri patentlense idi şayet hem tıbbi tedavi süreçlerini hem de akademik araştırma süreçlerini sekteye uğratabilirdi. zira ben bir araştırmacı olarak bir sinyal transdüksiyon yolağında rol oynayan yeni bir protein keşfetsem ve bu protein üzerine bir çalışma yapmak istesem craig venter'ın şirketinden izin almam gerekebilirdi. bu birçok araştırmayı sekteye uğratırdı. aslında vahşi kapitalizm yüzünden birçok bilimsel araştırma fonlanmadan başlayamıyor maalesef. çünkü biyoteknoloji şirketleri malzemeleri fahiş fiyatlara satıyor. bu konuda hala büyük sıkıntılar yaşıyoruz.

    velhasıl craig venter ve onun cinsinden olan insanlar haberlere, ted konuşmalarına çıkıp insanları popülist söylemlerle büyülerler, amaçları ise insanlığa veya bu gezegene hizmet etmek, bu bozuk sistemi düzeltmek değil, kendi şirketlerinin kârını artırmaktır. bu yüksek iq'lu ama düşük eq'lu mahlukatların güzel ve süslü sözcüklerine aldanmayın, böylelerinin önüne taş koymak gerekir. bunlar gibilerin kâr hırsından mütevellit, gezegene ve insanlığa da büyük zarar verilmektedir.

    ayrıca son olarak craig venter ile alakalı bir anektodu da paylaşmak isterim. aralarında hocamın da bulunduğu bir grup doktora öğrencisini bir sempozyumda toplayıp, "siz, çalışkan ama aptal doktora öğrencileri... şirketimin gelişmesi için size ihtiyacım var" diyerek, kendisinin iş mülakatlarında da üslup konusunda da büyük eksikleri olduğunu kanıtlamıştır.
  • celera tarafından 2002 yılında kovulmuş. (celera'yı perkin elmer craig venter'e güvenerek kurmuştu. perkin elmer de daha sonra applera ismini almıştı.)
    kovulma sebebi genom verilerinin satışının ticari olmayacağının iyice açığa çıkması olarak veriliyor. bunun üzerine şirket stratejiyi değiştirmek istiyor, buna direnen venter'in de ipi kesiliyor.
    craig venter, kötümser olarak alfred nobel'den ilhamla yazmışım ama tarihte köklü değişiklik yapması muhtemel bir adam. belki de bir numarası olmayacak ama dikkatle izlemekte fayda var.
    venter kendi adına bir araştırma enstitüsü (nonprofit) kurmuş (daha evvel kurduğu tigr (the institute for genomic research) aracılığıyla). okyanusta bakteri ekspedisyonuna çıkmış vs vs. enstitünün araştırdığı en göze çarpan konu fotosentez. okyanustan topladıkları yeni fotoreseptör genlerini sekanslamakta ve fotosentez aşamalarını daha iyi anlamaya çalışmaktalar.
    diğer yandan 2005 yılında da "synthetic genomics" isimli bir şirket kurmuş. şirketin amacı da bizi (insanlığı) petrol bağımlılığından kurtarmak. ethanol ve hidrojen üretmek. elbette genetiği değiştirilmiş mikroorganizmalar (bkz: gmo)kullanarak.
    kişisel olarak destekliyorum. başka yerlerde süregiden atmosferde biriken karbondioksitin (ve dolayısıyla sera etkisinin) azaltılması çalışmaları da hoşuma gidiyor. ama genetiğini değiştirdiğimiz bir organizma (yeterince basit değilse) beni tedirgin ediyor. mikroorganizmalara gen haritasını basıp çoğaltabiliriz, bu güzel ama mutasyona açık kalacak olmaları da tetikte olmamızı gerektiriyor. korkup, "gmo'ya hayır" sloganı atacak ahmaklar safında yer alacak değilim ama tedirgin olmak ve endüstriyel uygulamalar öncesinde sıkı bir denetim/kontrol mekanizması kurulmasını istemek benim de hakkım.
  • cok ucuk konusuyor gibi, sanki atiyormus gibi geliyor insana, lakin oyle degil, hakkaten mantikli hedefleri var adamin ve emin adimlarla o hedeflere dogru ilerliyor.

    su geyigi yapmak istemiyorum ama bazi andavallarla evrimin varligi uzerinden tartismaya girdigimiz su gunlerde herifler bilgisayarda canli tasarlayip uretime geciyorlar. hahaha bildigin akilli tasarim lan yaptiklari.

    inaniyorum ki yakin zamanda bizim dincileri keklemek icin ozel tasarimli bakteriler gelecek "oww su potasyum kanalinin karmasikligina bakin, kendi kendine olabilir mi bu (hasa), suphesiz ki bunun arkasinda ilahi bir zeka olmali" demeleriyle kodun icindeki feynman'in sozunu bulmalari bir olacak.

    "bu teknoloji sadece bunlarda var, fransa da bu ise el atmali" diye panik yapmamak lazim, adamlar catir catir basiyorlar buluslarini, venter sirket yoneticisi gibi davranmiyor bu konuda. ayrica fransa mi? hahaha. heriflerin dili basli basina harf israfi, bir de kodun icine yazi yazmaya calisacaklar falan, rezillik.

    neyse efendim, craig venter ve ekibi evrimsel tarihe cok ciddi mudahele ettiler, kafalarina gore milyonlarca yeni tur yaraticaklar; eger ki yok olmazsak binlerce yil sonra bile hatirlanacaklar. bakarsin sayelerinde uygarligimiz binlerce yil daha varligini surdurur.

    "uygarligimiz" derken uzerine alinma bu arada, sen otur kuran'da sentetik biyoloji helal miymis diye bir bak bakalim, (suphesiz ki) bahsi gecmistir bir yerlerde.

    ek:
    "tek bir ulkenin elinde olmasin, endiseleniyorum" demek cok guzel tabii de, "tek ulke" diye bir sey bile yok ki ortada, j. craig venter ve uluslararasi ekibi var. yani fransa'dan bir craig venter cikmasi lazim, ki sanmiyorum. bir de dedigim gibi adam her seyi anormal saydam yapiyor, zirt pirt basin aciklamasi yapiyor, siklikla yaptiklarini unlu dergilerde basiyor. o yuzden rahat olun diyorum zaten, fransa'yi cin'i zorla sokmayin isin icine; girecek olan girecektir.
  • bu abimiz abd hükümetinin genom projesinde çalışırken shotgunla yapalım bakın çok çabuk bitiririz der ancak elemanlar sallamaz. bunun üzerine kızan craig'ı hırs basar, ortamı terkeder ve celera adlı şirketi kurar. o yılın sonunda, çok daha sonra biteceği öngörülen insan genomu projesi tamamlanır.
  • efendiler;

    bu abi onemli bir ise daha imza atmis. kendisi mycoplasma mycoides in genlerini cikarip mycoplasma capricolum a takmis. m. capricolum m. mycoides e donusmus.

    ilk sentetik canlinin yapimina da hic birsey kalmamis.

    kendi ifadesiyle 1 ay

    aha da yazi
    http://www.newscientist.com/…ds-synthetic-life.html

    burada da var
    http://www.jcvi.org/…st-and-transplant-g/?tx_ttnews[backPid]=4&cHash=6f67e3b4ad

    ve ha da makale
    http://www.sciencemag.org/…content/abstract/1173759
  • ilk sentetik canlıyı çalıştırmayı başardığını 20 mayıs 2010 tarihinde dünyaya ilan etmiştir.

    http://www.jcvi.org/…g-venter-institute-researcher/

    (bkz: sentetik hayat)
  • cansızdan canlı üretilmişliği yoktur gercekten o işin daha bir 10 senesi var.

    yapılan şey bir canlının dna sını çıkarıp içine başka bir dna koymak ve kendı elimizle yaptığımız dna ile çalışan bir canlı üretmektir.

    konu ile ilgili olarak venterin sitesinde su not geçmektedir

    q: is your work in creating a synthetic bacterial cell “creating life from scratch”?

    a: no we do not consider this to be “creating life from scratch” but rather we are creating new life out of already existing life using synthetic dna to reprogram the cells to form new cells that are specified by the synthetic dna
hesabın var mı? giriş yap