epigenetic

• kanser baslamasına we yayılmasına neden olan ama genotoxic maddelerin aksine bunu dna etkileşlimi ile yapmayan kanserojen turu.
• genotipi degistirmeden fenotipi degistiren bir faktör diyebiliriz.
• (bkz: epigenetik)
• turkcesi epigenetik olabilecek bir sifat. epi eki, -ustu anlamina gelir, boylece epigenetik de genetik ozelliklerin, yani dna dizgesinin ustune gelen kodlamalari tanimlamak icin kullanilir. bu kodlamalarin en yaygin ve onemli sekilleri dna'nin metilasyonu (cogunlukla guanin'den sonra gelen sitozin bazinda) ve dna molekulunun baglandigi histon proteinleridir.
• dna dizisindeki değişmeler dışındaki mekanizmalardan kaynaklanan, gen anlatımında^* veya fenotipte meydana gelen ve dölden döle aktarılabilen (kalıtsal) değişmelerdir. dna dizisinde hiçbir değişme olmadığı halde, bu genetik olmayan değişmeler organizmanın genlerinin farklı şekilde işlemesine neden olur ve sanki genetik yapıyı değiştirmişçesine etki gösterirler.
  
  ökaryotik hücrelerdeki farklılaşma bu epigenetik değişimler sayesinde mümkündür. yani organizma ilk başta tek bir hücre ya, zigot. peki bu tek bir hücreden nasıl binlerce çeşit farklı hücre tipi oluşabiliyor, hepsinin de genetik yapısı, yani dna dizisi aynıyken, hiç düşündünüz mü? sinir hücesi de, kan hücresi de, epitel hücre de aynı genetik yapıya sahip, peki onları birbirinden farklı kılan ne? işte bu epigenetik denen nane yüzünden, genler tuşları varmışçasına açılıp kapanabilerek fonksiyonları değiştirilebiliyor efendim. gen açıkken anlatımı yapılabiliyor, yani o genin ürünü olan protein sentezlenebiliyor. kapalıyken ise anlatım yapılamıyor, ürünü olan proteinin hücre içindeki oranı düşüyor. protein olmayınca işlev de yerine getirilemiyor.
  
  ---burdan sonrası birazcık ayrıntı, "ne lan bu?!" deyip kapatablirsiniz---
  
  peki bu "açılıp-kapanma" nasıl yapılıyor? belli başlı epigenetik mekanizmalar şunlar:
  
  - dna düzeyinde
  
  metilasyon^*: bazı dna bölgelerinde cpg bölgelerindeki sitozin bazlarına metil (ch3) grubunun diğer bölgelere göre daha çok bağlanmasıyla, bu dna bölgeleri transkripsiyona kapalı hale getirilir.
  
  -histon düzeyinde
  
  asetilasyon^*-deasetilasyon^*: histondaki lizin amino asit bakiyesine^* asetil fonksiyonel grubunun bağlanarak kromatin yapısının açılmasıyla transkripsiyonun arttırılmasıdır. deasetilasyon da tam tersi. histon asetiltransferaz ve histon deasetilaz enzimlerince yürütülür.
  
  metilasyon^*: histondaki arjinin veya lizin amino asit bakiyesine metil grubunun bağlanarak kromatin yapısı kapatılır ve genin transkripsiyonu azalır. metiltransferaz enzimince yürütülür.
  
  ubiquitinasyon^*: histon proteinine ubiquitin proteininin kovalent şekilde bağlanarak, yıkılmasına neden olması, stabilitesini, lokalizasyonunu veya fonksiyonunu değiştirmesiyle gen transkripsiyon düzeyini değiştirmesidir. e1 enzimince yürütülür.
  
  fosforilasyon^*: histon proteinine fosfat grubunun (po4) eklenmesiyle histon proteinleri konformasyonları değiştirilerek aktif hale getirilir, fosfat grubunun uzaklaşırılmasıyla da inaktif hale. kinaz enzimlerince yürütülür.
  
  sumolasyon^*: histon proteinine sumo (small ubiquitin-like modifier) proteinin kovalent olarak bağlanmasıdır. bildiğim kadarıyla epigenetik olarak çalışma mekanizması ubiquitine benziyor, histon proteinin lokalizasyonunu ve dna'ya bağlanma etkisini değiştiriyor, ama bu konuda çok fazla çalışma yok henüz.
  
  epigenetik gen düzenlenmesini etkileyen diğer bir faktör de small non-coding rnas (küçük kodlama yapmayan rna'lar) ki, başlıca üyelerinden biri microrna'lar. bu rna'lar bize lisede öğretilen üç rna çeşidi vardı ya hani, mrna (mesajcı), trna (taşıyıcı), rrna (ribozomal), onlardan ayrıca bulundular daha yeni sayılır, ilk defa 98'de gösterildiler andrew fire ve craig mello tarafından (zaten 2006'da bu buluşlarından ötürü nobel tıp ve fizyoloji ödülüne layık görüldü bu şahsiyetler). bu küçük rna'lar da dna ve histon modifikasyonlarından ayrı olarak, gen anlatımını mrna düzeyinde, yani transkripsiyon sonrasında^* etkiliyorlar. mrna'ya bağlanıp onun yıkımına neden olarak veya translasyonunu inhibe ederek proteine çevrilmesini önlüyorlar. neyse, bundan bahsetmeye kalkarsam sabahı bulurum diye düşünerekten, bu konuda başka bir entryde buluşmak üzere diyor, gözlerinizden öpüyorum sevgili sözlükçüler.. esen kalın..
• (bkz: http://discovermagazine.com/…tic-mark-on-your-genes)
  
  "the methyl groups could become married permanently to the dna, getting replicated right along with it through a hundred generations. as in any good marriage, moreover, the attachment of the methyl groups significantly altered the behavior of whichever gene they wed, inhibiting its transcription, much like a jealous spouse." ^*
• erik erikson' un kişilik gelişimi ilkelerinden biridir.
  epigenetik ilke: egonun, hayatın değişik evrelerindeki gelişimini, açıklamak için kullanılan ilke.
  «epigenez, bir özelliğin uzayda ve zamanda başkasının üstünde geliştiği» anlamına gelir"
  emriyolojide: organların adım adım, önceden belirlenmiş bir hıza ve sabit bir sıraya göre gelişmesi
  epi (üzerinde) + genetic’ (kalıtımsal) = gelişim genetik etkenlere dayanır.
  
  yaşamın belirli evrelerinde belirli kişilik özellikleri ardışık bir şekilde ortaya çıkarken, her aşamada kaydedilen ilerleme, önceki aşamalardaki başarı veya başarısızlıklar tarafından kısmen belirlenir.
• epigenetic, genetiğe ek olarak manasına gelir. normalde hücrelerimizdeki dna dizilimi aynı olmasına rağmen, farklı türde organ ve dokulara sahibiz. bunun nedeni de belli genlerin belli hücrelerde sessiz olmasından kaynaklanmaktadır. epigenetiğin etkileri bununla da sınırlı degildir tabiki. belli başlı deneyler çevresel faktörlerin genlerimizde büyük degişimlere neden olduğunu gösterir. örnegin, erkek bir fareye vişne koklatılıp elektrik şoku verilir ve sonrasında bu farenin yavrularına ise vişne gösterildiginde istemsiz bir sekilde kasıldıkları gözlenir. yani yaşadığımız travmalar, ileriki nesillere de aktarılır. sonuç olarak, çocuk yapmadan önce güzelce düşünmek gerekir.
• robbins basic pathology 10th edition'da kendisinden şöyle bahsedilen;
  
  "cancers frequently show epigenetic changes, such as focal increases in dna methylation and alterations in histone modifications, which may themselves stem from acquired mutations in genes that regulate such modifications. these changes alter the expression or function of key genes that regulate fundamental cellular processes, such as growth, survival and senescence.
  
  mutations and epigenetic alterations impart to cancer cells a set of properties that are referred to collectively as cancer hallmarks."
  
  görüldüğü üzere epigenetik mekanizmalar, daha doğru bir tabirle dna sekansında değişmeler olmaksızın meydana gelen değişimler kanser gelişiminde artık büyük rol oynamakta. kanserin tedavisinin bulunması için öğrenmemiz gereken temel noktalardan birisi bu epigenetik.
  
  hücre siklusu da neredeyse bunlar üzerinden gidiyor. büyüme, hayatta kalma, replike olma, yaşlanma vb.. artık biliyoruz ki mutasyonlar ya da dna tamir mekanizmalarındaki bozukluk gibi dna zincir bozulmaları haricinde de spontan olarak hasar görebiliyor genom. bu değişiklikleri engellediğimizde, hüre siklusunun tüm aşamalarını kontrol altına aldığımızda ve bunları tetkiklerle tek tek saptayıp düzelttiğimizde; işte o gün, kanseri mortal bir hastalık olmaktan çıkaracağız.